1911年九月紹興光復，任紹興師范學校校長。1912年一月一日，臨時政府成立于南京，應教育總長蔡元培的招募，任教育部部員。五月，航海到達北京，住宣武門外南邊的半截胡同紹興會館藤花館，任教育部社會教育司第一科科長。八月任命為教育部僉事。1917年七月初，因張勛復辟亂作，憤而離職，亂平之后就返回了教育部。1920秋季，兼任北京大學及北京高等師范學校講師。1923年秋，兼任北京大學，北京師范大學，北京女子高等師范學校及世界語專門學校講師。1925年八月，因教育總長章士釗非法解散北京女子師范大學，魯迅與多數教職員有校務維持會的組織，被章士釗違法免職。隨后魯迅向專管行政訴訟的平政院投遞訴狀，控告章士釗濫用職權。1925年秋，兼任北京大學，北京女子師范大學，中國大學講師，黎明中學教員。1926年一月，新任教育總長易培基取消過去對魯迅的免職處分，教育部僉事職務恢復。二月，平政院開會作出裁決，正式取消章士釗對魯迅的處分，判定魯迅訴勝。三月，“三一八”慘案后，避難入山本醫院，德國醫院，法國醫院等，至五月始回寓。八月底，離北京向廈門，任廈門大學文科教授。十二月因對學校不滿，辭職。
